25 通过ImageJ定阈值
通过QuPath用ImageJ进行阈值设定
1. 阈值选择应该客观些
QuPath (v0.6.0) → Classify → Pixel classification → Train pixel classifier…或Create thresholder…可以用于阈值设定，但感觉还是偏主观的人为设定。
这样对于单独一张图片（比如HE图片），可能还可以。但如果一个项目含有多个图片（需要相互比较分析），且不同图片之间存在不同程度的整体颜色/染色差异，这样设定阈值可能就不太客观了。
这时候需要一个相对客观的方法用于阈值设定。
2. QuPath和ImageJ的关系
如QuPath的说明文件所述(1)：
QuPath was created by someone who was (and is) a big fan of ImageJ.
In fact, QuPath started life as a collection of ImageJ plugins for digital pathology.
Over time … QuPath was rewritten from scratch as a completely new application, which uses ImageJ as an extension.
3. 通过QuPath用ImageJ进行阈值设定
所用示例图片为HE图片。
首先，通过QuPath将已经进行color deconvolution的hemotoxylin通道图片发送到ImageJ。
发送到ImageJ后，通过Plugins → Macros → Record...记录在ImageJ的操作。
Default方法（自动选择32为阈值）。也可以通过下拉箭头选择其它方法测试。
感觉还不赖。
4. 使用QuPath的ImageJ script runner
通过ImageJ的Record...记录了在ImageJ的操作过程/ImageJ Macro，这时候可以把这个过程代码复制到QuPath的ImageJ script runner（见图1）。同样可以实现上面的操作。
Select channels: Hematoxylin。勾选Add script to command history（这样可以构建groovy script，用于基于代码的批量操作。）