36 PathMHC病原表位
一种高效鉴定病原抗原表位的新方法：PathMHC
留意到一个鉴定病原抗原表位的新方法流程，即PathMHC(1)（这是对应的评论(2)和预印版(3)），该方法结合质谱和生信步骤。
通过该方法流程鉴定的病原抗原表位，可以用于之后的疫苗候选抗原测试。
1. PathMHC的原理
这个是原文(1)的图。
这个来自原文(1)的图片摘要（graphic abstract）。
这个是评论(3)的图，特别显示了用于疫苗候选抗原的目的。
这3个图对比着看，更容易理解。
首先，每个样本被分成两部分，其中一部分（包括感染组和未感染组）通过非靶向质谱（DDA）进行分析。
其次，非靶向质谱数据通过生信流程进行分析，该流程找到感染细胞特异的前体离子，而这些前体在未感染对照组中不存在，并排除了在非靶向分析中已识别的离子（见材料与方法部分）。
最后，这些推测为感染细胞特异的前体离子被视作清单，在剩余的每个样本上进行靶向质谱分析，采用平行反应监测（PRM）来识别先前在非靶向分析中漏掉的病原衍生肽段。
2. PathMHC解决的问题
一种新颖的方法，称为PathMHC，该方法先对非靶向质谱数据进行计算分析，然后进行靶向质谱分析，从而比单独使用非靶向方法更高效地发现新型病原体来源的MHC肽段。
References
1.
O. Leddy, Y. Yuki, M. Carrington, B. D. Bryson, F. M. White, Targeting infection-specific peptides in immunopeptidomics studies for vaccine target discovery. Journal of Experimental Medicine 222 (2025).
2.
O. Leddy, Y. Yuki, M. Carrington, B. D. Bryson, F. M. White, PathMHC: A workflow to selectively target pathogen-derived MHC peptides in discovery immunopeptidomics experiments for vaccine target identification. bioRxiv, doi: 10.1101/2024.09.11.612454 (2024).
3.
P. Willems, L. Kovalchuke, F. Impens, Target acquired: Lock-on bacterial immunopeptides. Journal of Experimental Medicine 222 (2025).