7  一切皆结核

1. 一个小短文

看到一个科学小短文(1)，题目是：

Everything Is Tuberculosis: The History and Persistence of Our Deadliest Infection

一切皆结核：人类最致命传染病的历史与顽疾

里面有一句概括的结论，笔者眼前一亮，所以分享：

Tuberculosis has killed about one in seven people who have ever lived.

结核病已夺走了大约每七名曾生活在地球上的人中一人的生命。​

这个小短文主要是提及一本书Everything is Tuberculosis/《一切皆结核》。

写这个推文时，也留意到这本书亦被柳叶刀系列杂志(2)提及。

2.《一切皆结核》

By John Green, 2025.

这本书面向普通读者。

3. John Green

John Green grew up in Orlando, Florida before attending Indian Springs School and then Kenyon College. John Green is the New York Times bestselling author of… https://www.johngreenbooks.com/bio

4. 结核分枝杆菌感染（Mtb，结核的主要病原菌）的地球

4.1 下载地球

1. 从https://bioicons.com/?query=earth通过点击复制“earth”矢量图。

2. 在Adobe Illustrator中新建A4文档。

3. 粘贴该brain到A4文档。

4. 通过画板工具调整空白区域。

5. 导出为png图片（150 ppi、消除锯齿：无、背景色：透明）。

4.2 下载结核分枝杆菌

1. 从https://bioart.niaid.nih.gov/discover?q=tuberculosis&sort=relevance通过下载结核分枝杆菌矢量图素材。

2. 用Adobe Illustrator打开。

3. 去掉多余的元素，只留下结核分枝杆菌的矢量图，并调整分枝杆菌的填充色为红色。

4. 通过画板工具调整空白区域。

5. 导出为png图片（150 ppi、消除锯齿：无、背景色：透明）。

4.3 结核分枝杆菌感染的地球（just for fun）

1. 加载包

library(tidyverse) # for ggplot2
library(tidyplots) # for plotting
library(terra) # for putting earch and mycobacterium tuberculosis on the plot
library(grid) # for putting earch and mycobacterium tuberculosis on the plot

2. 生成一个数据，目的是为了产生一个空plot

df <- as_tibble(
    data.frame(x = 1:100, y = 1:100)
)

3. 读取地球

earch <- terra::rast("images/earth.png") # read earth
earth <- terra::flip(earch, direction = "vertical") # flip
earth |> dim() # check dimensions

[1] 387 387   4

earth <- terra::as.array(earth)/255 # convert to array and normalize to [0, 1], the original values are 0-255 (8 bit image)
earth <- grid::rasterGrob(earth) # convert to raster grob

4. 读取结核分枝杆菌

mtb <- terra::rast("images/Tuberculosis0001-grey.png") # read mtb
mtb <- terra::flip(mtb, direction = "vertical") # flip
mtb |> dim() # check dimensions

[1] 520 561   4

mtb <- terra::as.array(mtb)/255 # convert to array and normalize to [0, 1], the original values are 0-255 (8 bit image)
mtb <- grid::rasterGrob(mtb) # convert to raster grob

5. 在这个空plot上绘制地球和结核分枝杆菌

df |> 
    tidyplot(x = x, y = y) |> 
    add(ggplot2::annotation_custom(
        earth, xmin = 2, xmax = 98, ymin = 2, ymax = 98
    )) |> 
    add(ggplot2::annotation_custom(
        mtb, xmin = 10, xmax = 90, ymin = 10, ymax = 90
    )) |> 
    add_data_points(alpha = 0) |> # do not show data points
    add(ggplot2::labs(title = "The earth infected by" ~ italic("Mtb"))) |> 
    adjust_title(fontsize = 12) |> 
    adjust_size(width = 10, height = 10, unit = "cm")

Mtb是胞内菌(3)，即其可生活在细胞内。

Mtb感染地球这幅图即暗含结核病依然很严峻，又暗含Mtb感染细胞（想象地球是个细胞）。

给我买杯茶🍵

References

1.

R. E. Johnstone, Everything is tuberculosis: The history and persistence of our deadliest infection. Anesthesiology 143 (2025).

2.

T. Burki, Everything is tuberculosis. The Lancet Respiratory Medicine 13, 674–675 (2025).

3.

L. I. Rankine-Wilson, T. Shapira, C. Sao Emani, Y. Av-Gay, From infection niche to therapeutic target: The intracellular lifestyle of mycobacterium tuberculosis. Microbiology 167 (2021).