8  mrxs格式切片

mrxs格式切片信息了解

Published

September 26, 2025

图源：https://downloads.openmicroscopy.org/images/Vectra-QPTIFF/perkinelmer/PKI_scans/

使用不同的切片扫描仪扫描，通常伴随着不同的切片格式（比如.mrxs、.svs、.ndpi、.qptiff等）。

比如使用3DHISTECH公司的切片扫描仪扫描的切片，通常保存为.mrxs格式（比如s客观的H&E或PAS切片图像自动分析）。

1. mrxs格式切片文件结构

.mrxs文件的结构如下：

library(fs)

path <- "path/to/your/mrxs/folder"

path |> 
    dir_tree(, recurse = TRUE)

path/to/your/folder
├── xxx
│   ├── Data0000.dat
│   ├── Data0001.dat
│   ├── Data0002.dat
│   ├── Data0003.dat
│   ├── Data0004.dat
│   ├── Data0005.dat
│   ├── Data0006.dat
│   ├── Data0007.dat
│   ├── Data0008.dat
│   ├── Data0009.dat
│   ├── Data0010.dat
│   ├── Data0011.dat
│   ├── Data0012.dat
│   ├── Data0013.dat
│   ├── Data0014.dat
│   ├── Data0015.dat
│   ├── Data0016.dat
│   ├── Data0017.dat
│   ├── Data0018.dat
│   ├── Data0019.dat
│   ├── Data0020.dat
│   ├── Data0021.dat
│   ├── Data0022.dat
│   ├── Data0023.dat
│   ├── Data0024.dat
│   ├── Data0025.dat
│   ├── Data0026.dat
│   ├── Data0027.dat
│   ├── Data0028.dat
│   ├── Data0029.dat
│   ├── Data0030.dat
│   ├── Data0031.dat
│   ├── Data0032.dat
│   ├── Data0033.dat
│   ├── Data0034.dat
│   ├── Data0035.dat
│   ├── Data0036.dat
│   ├── Data0037.dat
│   ├── Data0038.dat
│   ├── Data0039.dat
│   ├── Data0040.dat
│   ├── Data0041.dat
│   ├── Data0042.dat
│   ├── Data0043.dat
│   ├── Data0044.dat
│   ├── Index.dat
│   └── Slidedat.ini
├── xxx.mrxs

可看出，包含了xxx.mrxs文件和一个同名的xxx文件夹。

在xxx文件夹中，有Slidedat.ini文件。

2. Slidedat.ini文件内容

Slidedata.ini文件内容如下：

library(readr)

path <- "raw_data/Slidedat.ini"

path |> 
    read_lines(n_max = 20) # 只读取前20行
 [1] "[GENERAL]"                                                     
 [2] "SLIDE_VERSION = 01.03"                                         
 [3] "SLIDE_NAME = slide-2025-09-18T06-26-22-R6-S4_20250918063043618"
 [4] "PROJECT_NAME = Default"                                        
 [5] "SLIDE_ID = 4AA67957C30F4DC3801BE176F9436A18"                   
 [6] "IMAGENUMBER_X = 328"                                           
 [7] "IMAGENUMBER_Y = 732"                                           
 [8] "SLIDE_CREATION_FINISHED = True"                                
 [9] "CURRENT_SLIDE_VERSION = 2.3"                                   
[10] "SLIDE_CONTENT = DIGITAL_SLIDE"                                 
[11] "SLIDE_TYPE = SLIDE_TYPE_FLUORESCENCE"                          
[12] "VIMSLIDE_SLIDE_BITDEPTH = 8"                                   
[13] "COMPRESSED = True"                                             
[14] "COMPRESSION = JPEG"                                            
[15] "COMPRESSION_FACTOR = 80"                                       
[16] "CONFOCAL = NO"                                                 
[17] "DISK_POSITION = 0"                                             
[18] "FOCUS_MAP = AUTO"                                              
[19] "FOCUS_LIMIT = ENABLED"                                         
[20] "FOCUS_LIMIT_LO = 1710"

只显示了前20行，实际上内容更多。

3. Slidedat.ini文件内一些有用信息

这个文件可以用文本编辑器打开查看。

Slidedata.ini文件中，有一些有用的信息，包括:

  • SLIDE_TYPE = SLIDE_TYPE_FLUORESCENCE #切片类型（这个是荧光染色切片）
  • SLIDE_CREATIONDATETIME = dd/mm/yyyy hh:mm:ss #切片创建时间
  • OBJECTIVE_MAGNIFICATION = 20 #物镜倍数/物理放大倍数
  • [LAYER_0_LEVEL_0_SECTION] #切片第0层的信息（最高分辨率层）
    • MICROMETER_PER_PIXEL_X = 0.273809523809524 #第0层X轴每像素对应的微米数
    • MICROMETER_PER_PIXEL_Y = 0.273809523809524 #第0层Y轴每像素对应的微米数
  • [LAYER_0_LEVEL_1_SECTION] #切片第1层的信息（次高分辨率层）
    • MICROMETER_PER_PIXEL_X = 0.547619047619048 #第1层X轴每像素对应的微米数
    • MICROMETER_PER_PIXEL_Y = 0.547619047619048 #第1层Y轴每像素对应的微米数

这个文件有很多信息，这里只抛砖引玉，您可以打开逐行查看。

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